IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI PUPUK ORGANIK SISTIM BIOPORI MENGGUNAKAN GEN 16S rRNA
DOI:
https://doi.org/10.53682/ibj.v3i1.4414Keywords:
Identifikasi Molekuler, bakteri pupuk organik, Gen 16S rRNA, sistem bioporiAbstract
Bakteri dari pupuk organik sistim biopori masih perlu ditentukan kedudukan dalam klarifikasi bakteri. Untuk itu perlu dilakukan identfikasi pada tingkat spesies menggunaan analisis sekuen gen 16S rRNA. DNA bakteri dari pupuk organik sistim biopori di ekstrak untuk di identifikasi secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA. Isolat yang diperoleh berasal dari sampel pupuk organik sistim biopori. Bakteri di isolasi pada media NA dengan metode tabur dan di inkubasi pada suhu kamar selama 2x24 jam. Isolate yang tumbuh pada media NA diekstrasi menggunakan Presto Mini gDNA Bacteria KIT. Amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR, visualisasi amplikon gen 16S rRNA dengan metode elektroforesis, Amplifikasi DNA target dilakukan dengan menggunakan primer 16sA dan 16sB2. Amplicon-amplikon dielektroforesis menggunakan gel agarose 1,6 dengan DNA Ladder 500-1500bp. Sekuensing menggunakan jasa sekuensing First Base Singapura. Hasil analisis penyelarasan menggunakan program BLAST (www.ncbi.nih.gov.com) 16S rRNA urutan isolat bakteri pupuk organik bp4 sistim biopori menunjukkan kemiripan 98% dengan Bacillus cereus strain MH19 (nomor tambahan CP039269.1). Hasil rekonstruksi filogeni dengan Neighbour Joining, urutan gen 16S Rrna isolate bp4 menunjukkan hubungan terdekat dengan Bacillus cereus strain MH19 (nomor tambahan CP039269.1).
References
Aris. M. Sukenda. Harris. E. Ssukadis.M. F. Yuhana. M. 2013. Identifikasi molekular bakteri patogen dan desain primer PCR. Program Studi Budidaya Perairan FPIK-UNKHAIR Ternate, Maluku Utara.
Azhar. A. 2015. Identifikasi molekuler isolat bakteri Pendegradasi inulin dari Rizosfer Umbi tanaman dahlia. Laporan akhir penelitian percepatan Profesor. Universitas Negeri Padang.
Armougom F, Raoult D (2009) Exploring microbial diversity using 16S rRNA high-throughput methods. J Comput Sci Syst Biol 2:074−092. doi: 10.4172/jcsb.1000019
Brata, Kamir R dan Anne Nelistya, 2008. Lubang Resapan Biopori, Bogor.
Cole JR, Wang Q, Fish JA, Chai B, McGarrell DM, Sun Y, Brown CT, Porras-Alfaro A, Kuske CR, Tiedje JM (2013) Ribosomal database project: Data and tools for high throughput rRNA analysis. Nucleic Acids Res 42:D633−642. doi: 10.1093/nar/gkt1244
Kurnia, U., D. Setyorini, T. Prihatini, S. Rochayati, Sutono dan H. Muh. Alwi Akbar, Et al / Jurnal Pendidikan Teknologi Pertanian, Vol. 4 (2018) : 68-76 76Suganda. 2001. Perkembangan dan Penggunaan Pupuk Organik di Indonesia. Rapat Koordinasi Penerapan Penggunaan Pupuk Berimbang dan Peningkatan Penggunaan Pupuk Organik. Direktorat Pupuk danPestisida, Direktorat Jendral Bina Sarana Pertanian, Jakarta, Nopember 2001.
Kusumawati DE (2014) Isolasi dan karakteristik senyawa antibakteri dari bakteri endofit tanaman miana (Coleus scutellariodes [L.] Benth.). Curr. Biochem. 1:45−50. doi: 10.29244/cb.1.1.45-50
Pangastuti. A. 2006. Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa Gen Penyandi 16s rRNA dan Gen Penyandi Protein Jurusan Biologi FMIPA Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta 57126.
Permatasari, L. 2015. Bioinfiltration Hole:’’One Day For Biopore’’ as an Alternativ Prevent Flood. International Journal of Advances in Science
Rau. H. C. Yudistira. A. Simbala. H. E. I. 2018. Isolasi, identifikasi secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA, dan uji aktivitas antibakteri bakteri simbion endofit yang diisolasi dari alga halimeda opuntia. Jurnal Ilmiah Farmasi – UNSRAT Vol. 7 No. 2 MEI 2018
Rinanda. T. 2011. Analisis Sekuensing 16S rRNA Di Bidang Mikrobiologi. http://www.jurnal.unsyiah.ac.id/JKS/article/viewFile/3484/3238 (diakses 14 oktober 2018)
Wantania, L. L., Ginting, E. L., Wullur, S. 2016. Isolasi Bakteri Simbion dengan Spons dari Perairan Tongkeina, Sulawesi Utara. Jurnal LPPM Bidang Sains dan Teknologi. 1(3): 57- 65.
