IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI PUPUK ORGANIK SISTIM BIOPORI MENGGUNAKAN GEN 16S rRNA
DOI:
https://doi.org/10.53682/ibj.v3i1.4414Keywords:
Identifikasi Molekuler, bakteri pupuk organik, Gen 16S rRNA, sistem bioporiAbstract
Bakteri dari pupuk organik sistim biopori masih perlu ditentukan kedudukan dalam klarifikasi bakteri Untuk itu perlu dilakukan identfikasi pada tingkat spesies menggunaan analisis sekuen gen 16S rRNA DNA bakteri dari pupuk organik sistim biopori di ekstrak untuk di identifikasi secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA Isolat yang diperoleh berasal dari sampel pupuk organik sistim biopori Bakteri di isolasi pada media NA dengan metode tabur dan di inkubasi pada suhu kamar selama 2x24 jam Isolate yang tumbuh pada media NA diekstrasi menggunakan Presto Mini gDNA Bacteria KIT Amplifikasi gen 16S rRNA dengan metode PCR visualisasi amplikon gen 16S rRNA dengan metode elektroforesis Amplifikasi DNA target dilakukan dengan menggunakan primer 16sA dan 16sB2 Amplicon amplikon dielektroforesis menggunakan gel agarose 1 6 dengan DNA Ladder 500 1500bp Sekuensing menggunakan jasa sekuensing First Base Singapura Hasil analisis penyelarasan menggunakan program BLAST www ncbi nih gov com 16S rRNA urutan isolat bakteri pupuk organik bp4 sistim biopori menunjukkan kemiripan 98 dengan Bacillus cereus strain MH19 nomor tambahan CP039269 1 Hasil rekonstruksi filogeni dengan Neighbour Joining urutan gen 16S Rrna isolate bp4 menunjukkan hubungan terdekat dengan Bacillus cereus strain MH19 nomor tambahan CP039269 1 < p>
References
Aris M Sukenda Harris E Ssukadis M F Yuhana M 2013 Identifikasi molekular bakteri patogen dan desain primer PCR Program Studi Budidaya Perairan FPIK UNKHAIR Ternate Maluku Utara
Azhar A 2015 Identifikasi molekuler isolat bakteri Pendegradasi inulin dari Rizosfer Umbi tanaman dahlia Laporan akhir penelitian percepatan Profesor Universitas Negeri Padang
Armougom F Raoult D 2009 Exploring microbial diversity using 16S rRNA high throughput methods J Comput Sci Syst Biol 2:074 092 doi: 10 4172 jcsb 1000019
Brata Kamir R dan Anne Nelistya 2008 Lubang Resapan Biopori Bogor
Cole JR Wang Q Fish JA Chai B McGarrell DM Sun Y Brown CT Porras Alfaro A Kuske CR Tiedje JM 2013 Ribosomal database project: Data and tools for high throughput rRNA analysis Nucleic Acids Res 42:D633 642 doi: 10 1093 nar gkt1244
Kurnia U D Setyorini T Prihatini S Rochayati Sutono dan H Muh Alwi Akbar Et al Jurnal Pendidikan Teknologi Pertanian Vol 4 2018 : 68 76 76Suganda 2001 Perkembangan dan Penggunaan Pupuk Organik di Indonesia Rapat Koordinasi Penerapan Penggunaan Pupuk Berimbang dan Peningkatan Penggunaan Pupuk Organik Direktorat Pupuk danPestisida Direktorat Jendral Bina Sarana Pertanian Jakarta Nopember 2001
Kusumawati DE 2014 Isolasi dan karakteristik senyawa antibakteri dari bakteri endofit tanaman miana Coleus scutellariodes [L ] Benth Curr Biochem 1:45 50 doi: 10 29244 cb 1 1 45 50
Pangastuti A 2006 Definisi Spesies Prokaryota Berdasarkan Urutan Basa Gen Penyandi 16s rRNA dan Gen Penyandi Protein Jurusan Biologi FMIPA Universitas Sebelas Maret UNS Surakarta 57126
Permatasari L 2015 Bioinfiltration Hole: One Day For Biopore as an Alternativ Prevent Flood International Journal of Advances in Science
Rau H C Yudistira A Simbala H E I 2018 Isolasi identifikasi secara molekuler menggunakan gen 16S rRNA dan uji aktivitas antibakteri bakteri simbion endofit yang diisolasi dari alga halimeda opuntia Jurnal Ilmiah Farmasi UNSRAT Vol 7 No 2 MEI 2018
Rinanda T 2011 Analisis Sekuensing 16S rRNA Di Bidang Mikrobiologi http: www jurnal unsyiah ac id JKS article viewFile 3484 3238 diakses 14 oktober 2018
Wantania L L Ginting E L Wullur S 2016 Isolasi Bakteri Simbion dengan Spons dari Perairan Tongkeina Sulawesi Utara Jurnal LPPM Bidang Sains dan Teknologi 1 3 : 57 65
